バージョンアップとは、読んで字の如く、mFAのバージョンが上がる（数字が増える）こと。不具合修正や改造等を行うことで上がる。
バージョンアップ時には数字が増えるが、mFAにおけるそのカウントの仕方はだいたい次のようになっている。
| 位 | 場所 | 内容 | 例 |
|---|---|---|---|
| 一の位 | v<1>.000 | 仕様や方針の大変更 | まずない |
| 小数第一位 | v1.<0>00 | 重大な変更、超大規模な改造 | シーズン変更 |
| 小数第二位 | v1.0<0>0 | 影響の大きい変更、大規模の改造 | 倉庫屋の実装 |
| 小数第三位 | v1.00<0> | 影響の小さい変更、小さな改造、不具合の修正 | 上メニューへのリンク追加 |